Desa Mekarjaya berasal dari kata Mekar yang berarti Pemekaran/terus berkembang dan Jaya yang berarti Jaya/Maju/Sejahtera.
dan merupakan Desa Hasil Pemekaran dari Desa Tenjolayar.
Sekitar Tahun 1980 Warga Desa Mekarjaya ingin memisahkan diri dari Desa Tenjolayar,
dan tepatnya tanggal 28 Oktober 1982 Desa Mekarjaya Resmi Memisahkan diri dari Desa Tenjolayar.
Daftar Kepala Desa Mekarjaya :
1. Lakman (Pjs) : 1982 - 1984
2. Yusuf : 1984 - 1992
3. H. Bisri : 1992 - 2000
4. H. Usa : 2001 - 2009
5. Ahmadi : 2009 - 2015
6. Cuhari (Pjs) : 2015
7. Agung Mintardja : 2016 - 2021
7. Irma Dharmawati : 2022 - Sekarang
Masyarakat Mekarjaya dikenal Agamis, Kekeluargaan dan sebagai Petani yang Ulet..
Sawah - sawah yang ada di Desa Mekarjaya merupakan sawah yang selalu di aliri air sepanjang tahun,
sehingga Petani bisa menanam Padi sampai tiga kali Panen. selain Padi Petani juga sering menananm Ubi Jalar (Boled),
Bengkoang, Kacang - Kacangan, dan Sayuran.